Mesmo assim, existem diversas lacunas na Educação Especial dentro da rede federal, que são abordadas nas análises realizadas por Mendes (2017) em seu trabalho. A autora deu atenção aos processos pedagógicos praticados na rede federal, nas ações de atendimento educacional especializado e no trabalho docente em Educação Especial. Indicou que são ínfimos os relatórios que citam a Educação Especial, em grande parte não abordam as questões pedagógicas diretamente. Nas políticas e legislações é possível perceber um foco maior nas questões relacionadas à acessibilidade arquitetônica, que aparecem com mais frequência e mais detalhadas, em detrimento das atividades de atendimento educacional.
Outro fator importante para entender o funcionamento da Educação Especial nos IFs diz respeito à gestão, pois a estruturação das práticas de atendimento pedagógico e dos núcleos de acessibilidade previstos no decreto nº 7.611/2011 depende das gestões locais em cada instituto, resultando em diversos movimentos que são estabelecidos a partir das decisões de planejamento e investimento dos responsáveis pela administração das instituições. Assim, a definição das políticas públicas ligadas à Educação Especial são dependentes, em grande parte, das mobilizações dentro das instituições para a efetivação do trabalho pedagógico. Ao longo das análises, é possível identificar dentro da Rede Federal diferentes definições de Educação Especial, definindo-a como um serviço ou como parte dos processos educacionais das instituições, mas sempre ligada pelas questões gerais da educação nacional .
Por fim, em relação ao Ensino Médio, a condição de incluir estudantes com necessidades educacionais específicas é um tema complexo, adicionando a isto as especificidades do Ensino Profissional Tecnológico (EPT), a complexidade aumenta. Entende-se que, o direito à educação, conforme expresso em lei, só consegue se concretizar se o ensino garantir o desenvolvimento global do estudante, vislumbrando sua emancipação. Não se deve apenas dar oportunidade de acesso e fazer sua matrícula, é necessário garantir sua permanência escolar e sua aprendizagem. Assim, é preciso fomentar e intensificar a pesquisa, a extensão e o ensino que foquem na sensibilização e desmistificação da problemática da inclusão, buscando a mudança de atitudes, num ciclo contínuo e permanente no âmbito institucional .